La vicenda si svolge in Giappone nel 2026, undici anni dopo uno straordinario sviluppo in materia di realtà aumentata, percepibile alla popolazione grazie a speciali visori, i cyber occhiali. La giovane Yūko Okonogi, studentessa di sesta elementare il cui nome può essere letto come Yasako (ragazza gentile), si trasferisce con la famiglia nella cittadina di Daikoku, in cui vi è una massiccia presenza di cybertecnologia. Appena arrivata in città, Yasako, dal carattere dolce e remissivo, conoscerà i bambini locali e, in particolare, verrà a contatto con un'altra sua coetanea: Yūko Amasawa, hacker abilissima e dai modi bruschi, il cui nome, identico a quello della protagonista, può essere letto, invece, come Isaco (ragazza coraggiosa). Yasako si ritroverà immischiata in una serie di oscuri enigmi, che ruotano perlopiù attorno agli Illegal, dei bizzarri ammassi di sostanza nera semovente, in realtà virus informatici di origine sconosciuta, e al mondo dall'Altra Parte, un misterioso universo virtuale.
